Как в данном случае правильно ликвидировать ООО?

Добрый день!

Если Ваша организация ликвидирована так и не была, то Вам необходимо подать в арбитражный суд заявление о признании налоговой инспекции утратившей возможность взыскания с Вашей организации задолженности по пеням в связи с истечением установленного срока для ее взыскания.

Срок давности взыскания налога и пени включает в себя трехмесячный срок на
предъявление требования, срок на его добровольное исполнение (статья 70 НК РФ) и
шестимесячный срок для обращения в арбитражный суд (статья 46, 48 НК РФ).

В силу статьи 44 НК РФ утрата  налоговым  органом  возможности  принудительного  взыскания  сумм  налогов, пеней, штрафа, то есть непринятие им в установленные сроки надлежащих мер ко взысканию, сама по себе не является основанием для прекращения обязанности налогоплательщика по их уплате и, следовательно, для исключения соответствующих записей из его лицевого счета. Согласно взаимосвязанному толкованию норм подпункта 5 пункта 3 статьи 44 и подпункта 4 пункта 1 статьи 59 Кодекса исключение соответствующих записей из лицевого счета налогоплательщика возможно только на основании судебного акта, в соответствии с которым налоговый орган утрачивает возможность взыскания недоимки, пеней, штрафов в связи с истечением установленного срока их взыскания, в том числе в случае отказа в восстановлении пропущенного срока подачи в суд заявления о взыскании этих сумм.

Такая правовая позиция изложена в Постановлении Пленума Высшего Арбитражного Суда Российской Федерации от 30 июля 2013 года N 57.

Если требуется помощь в составлении такого заявления, можете написать мне в чат.